Berdasarkan data Kementerian Luar Negeri, terdapat total 578 WNI di kedua negara, terdiri dari 386 orang di Iran dan 192 orang di Israel. Dari jumlah tersebut, sebanyak 115 WNI di Iran dan 11 WNI di Israel telah menyatakan kesediaannya untuk dievakuasi. Sebagian besar dari mereka adalah pelajar dan mahasiswa yang tinggal di wilayah-wilayah yang saat ini masuk dalam kategori rawan.
Rencana evakuasi Warga Negara Indonesia (WNI) dari Iran dan Israel akan melibatkan Tim Crisis Response Team (CRT) yang terdiri dari 34 personel gabungan TNI, Keberangkatan dijadwalkan pada Jumat, 20 Juni 2025, menuju Baku dengan estimasi perjalanan sekitar 30 jam. Sesampainya di Baku, para WNI akan transit selama dua malam sebelum melanjutkan penerbangan pulang ke Tanah Air dengan pesawat komersial pada Minggu, 22 Juni 2025. Sedangkan evakuasi WNI dari Israel direncanakan akan melalui Amman (Yordania), sebelum diberangkatkan melalui jalur udara
Sebagai bagian dari sistem pertahanan negara yang profesional, adaptif, dan responsif, TNI senantiasa mengedepankan sinergi lintas instansi, baik dalam maupun luar negeri, guna menjamin keselamatan dan keamanan seluruh WNI yang berada di wilayah konflik. TNI menegaskan bahwa perlindungan terhadap warga negara Indonesia, baik di dalam maupun luar negeri, adalah bagian dari tugas konstitusional yang diemban, dan akan terus dilaksanakan secara maksimal dalam kerangka kepentingan nasional.
